동경 126°11′, 북위 34°13′에 위치한다. 조도면 소재지인 하조도에서 동남쪽으로 8㎞, 진도의 팽목항에서 남쪽으로 약 12㎞ 지점에 있다. 독거군도의 주도로 주변에 있는 섬들과 함께 독거군도(獨巨群島)를 형성한다.
면적은 1.37㎢이고, 해안선 길이는 5.8㎞이다. 인근 해상에는 서쪽에 슬도(瑟島)와 관매도(觀梅島), 남쪽에 탄항도(灘項島)와 개의도(開衣島)가 있다.
1789년(정조 13)에 진상품으로 독거도의 미역과 김을 가져가기 위해 사람이 왔다가 거센 파도 때문에 오도 가도 못하여 독거(獨巨)라 불리게 되었다는 설이 있다.
외로운 섬이라고 한자로 독고도(獨孤島)라고 쓰기도 했다. 한편 섬의 생김새가 독거시(도깨비의 사투리)처럼 생겼다 하여 독거섬·독거도·독거리라 하였다고 전해온다.
지질은 대부분 산성화산암류로 이루어져 있다. 남북 방향으로 긴 모양의 섬이다. 독거산(178.4m)을 정점으로 기복이 비교적 큰 산지로 이루어져 있으며, 해안은 암석해안이 대부분이다. 썰물 때는 남쪽에 있는 탄항도와 연결되어 하나의 섬을 이룬다.
1월 평균기온은 -0.6℃, 8월 평균기온은 22.4℃, 연강수량은 1,019㎜이다. 비가 내리거나 안개가 끼고 흐린 날이 210여 일로 아주 많은 편이다.
2010년 기준으로 인구는 76명(남 39명, 여 37명)이 거주하고 있으며, 세대수는 46세대이다. 취락은 섬의 북부에 동서로 뻗은 지구대 모양의 낮은 지대에 분포한다. 토지이용 현황은 논은 없고 밭 0.06㎢, 임야 1.25㎢이다.
주요 농산물은 감자·고구마·유채·보리 등이며, 주요 수산물은 장어·미역·톳·멸치·전복 등이다. 굴·바지락·톳·미역 등의 양식업이 활발하다. 교통은 진도 팽목항에서 하조도를 경유하는 여객선이 운항된다.