대한불교조계종 직할교구 본사인 조계사(曹溪寺)의 말사이다. 756년(경덕왕 15)에 수태(秀台)가 창건하여 당나라 고종 때 장안 천복사(薦福寺)에서 대중을 교화하면서 생불(生佛)로 지칭되었던 승가(僧伽)를 사모하는 뜻에서 승가사라 하였다.
그 뒤 1024년(현종 15)에 지광(智光)과 성언(成彦)이 중창하였고, 1090년(선종 7)에는 구산사(龜山寺)의 주지였던 영현(領賢)이 중수하였으며, 1099년(숙종 4)에는 대각국사(大覺國師) 의천(義天)이 왕과 왕비를 모시고 참배하면서 불상을 개금(改金)하고 불당을 중수하였다.
1422년(세종 4)에 왕이 7종을 통합하여 선교양종(禪敎兩宗)을 통합할 때는 선종에 속하였으며, 그 뒤 여러 차례의 중건·중수를 거쳐 고종 때 민비와 엄상궁의 시주를 얻어 일신, 중건하였다. 1941년에 도공(道空)이 다시 중수하였으나, 6·25전쟁 당시 소실되었으며, 1957년에 비구니 도명(道明)이 중창하여 대웅전과 영산전(靈山殿)·약사전(藥師殿) 등의 당우를 갖추었다. 그 뒤를 이어 비구니 상륜(相侖)이 불사(佛事)를 계속하여 현재는 산신각(山神閣)·향로각(香爐閣)·동정각(動靜閣)·범종각(梵鐘閣)·대방(大房)·요사채 등의 당우들이 좁고 가파른 지형을 이용하여 알맞게 배열되어 있다. 비록 규모는 작으나 창건 이후 여러 왕들이 행차하여 기도하였고, 조선 초기의 고승 함허(涵虛)가 수도했던 곳으로도 유명하다. 조선 후기에는 성월(城月)이 이절에서 배출되어 팔도도승통(八道都僧統)의 직책을 맡아 쇠잔하던 불교를 크게 진작하는 등 불교사상 중요한 위치를 점하는 사찰이다. 또한 예로부터 기도처로도 널리 알려져 있다.
이 절의 유물로는 1989년 보물로 지정된 서울 승가사 석조승가대사좌상이 있으며, 서북방 100m 지점에는 1963년 보물로 지정된 거대한 서울 북한산 구기동 마애여래좌상이 부각되어 있다. 이 마애불과 약사전에 모신 약사여래의 영험, 그리고 약수의 효험 등은 이 절을 기도처로서 유명하게 만들었다. 절의 뒤편 비봉에는 진흥왕순수비(眞興王巡狩碑)가 있었는데 국립중앙박물관으로 옮겨졌고, 그 자리에는 유지비(遺址碑)가 세워져 있다.