한국전쟁 때에는 당시 교장 조동식이 태극기를 옷 속에 꿰매 괴나리봇짐 속에 넣어 피난살이에서도 소중히 간직하였다. 이후 학교 행사와 의식 때에 사용하다 1977년 동덕여자대학으로 이전해 현재 동덕여자대학교 박물관에서 보관하고 있다.
대한제국기에는 각 학교에서 운동회나 예식을 할 때 태극기를 게양해 민족의식을 고취했는데, 동덕여자의숙 태극기는 그러한 실제 예가 남아 있는 귀중한 보기이다. 홍색과 청색은 빛깔이 매우 바래 있으며, 오랫동안 보존하고 사용하면서 여러 곳을 천을 덧대어 보수해 사용해 온 태극기로, 일제강점기와 한국전쟁 속에서도 고이 간직해 보존해 온 역사도 함께 지니고 있다.
2008년 8월 12일 국가등록문화재(현, 국가등록문화유산)로 지정되었다.