한나라당은 창당 직후인 1997년 12월 18일 실시된 대선에서 이회창 후보가 새정치국민회의의 김대중 후보에게 패배함으로써 야당이 되었다. 뒤이은 1998년 6월 지방선거에서도 경상남 · 북도와 강원도를 제외한 전 지역에서 참패하였다.
그러나 2000년 제16대 총선에서 승리를 거둬 원내 제1당의 지위를 유지했고, 2002년 지방선거에서도 승리하였다. 하지만 그해 말 치러진 대선에서는 이회창 후보가 새천년민주당 노무현 후보의 돌풍에 밀려 낙선하였다. 이회창은 정계 은퇴를 선언하였다.
이후 한나라당은 참여정부와 계속 대립했고, 2004년 새천년민주당이 정치적 중립 위반을 이유로 노무현 대통령에 대한 탄핵안을 제출하자 여기에 동조하였다. 이 탄핵안은 3월 12일 열린우리당이 반대하는 가운데 통과되었다. 그러나 탄핵 역풍으로 한나라당의 지지도는 10%대까지 추락했고, 4월 15일 제17대 총선에서 121석을 차지하여 152석을 얻은 열린우리당에게 패배하였다.
한나라당은 3당 통합 이후 민주자유당 시절부터 유지해 온 원내 제1당의 지위를 잃게 되었다. 이렇게 되자 한나라당은 2004년 7월 4일 제12차 전당대회에서 박근혜를 대표최고위원으로 선출하고 전면적인 쇄신을 단행하였다. 특히 2005년 열린우리당이 「사립학교법」 개정안을 통과시키자 장외 투쟁을 벌여 3개월 만에 재개정 합의를 이끌어낸 것은 당의 지지도를 상승시키는 계기가 되었다.
2006년 들어 한나라당은 자유민주연합을 흡수하고 5월 지방선거에서 압도적인 승리를 거뒀다. 그러나 2007년 대선을 앞두고 서울특별시장 이명박이 부상하면서 한나라당 안에는 친이계와 친박계의 갈등이 고조되었다. 결국 대통령 후보 경선에서 이명박이 박근혜를 누르고 승리했고, 12월 19일 실시된 선거에서 제17대 대통령으로 당선되었다. 이로써 한나라당은 10년 만에 다시 여당이 되었다.
2008년 4월 제18대 총선에서도 153석으로 과반수를 차지하였다. 하지만 한나라당은 미국산 쇠고기 검역 문제로 인한 촛불시위, 친박계와 친이계의 갈등 심화로 지지율이 점차 하락했고, 2009년 두 차례의 재보선과 2010년 지방선거에서 연이어 패배하였다. 특히 2011년 10월 26일 재보궐 선거에서 발생한 선관위 디도스 공격 사건은 당을 위기에 빠뜨렸다.
한나라당은 2011년 12월 19일 박근혜를 위원장으로 하는 비상대책위원회를 구성하고 2012년 2월 13일 당명을 새누리당으로 변경하였다.