비슷한 시기에 나온 아동청소년 만화잡지가 대개 만화와 그림이야기를 반반씩 섞어 구성한 것과 비교할 때 『만화학원』은 순수 만화만을 엮었다는 특징이 있다. 창간호에는 김용환의 「동물농장」, 정한기의 「바금이와 산적(山賊)」, 김성환의 「임경업의 어린시절」, 신동우의 「꼬마호걸 다람바위」, 백인수의 「금방울」, 신동헌의 「표객 김삿갓」, 이재화의 「백명고개」, 심홍택의 「소년 정수동」, 이병주의 「숲속나라 용마동이」, 김경언의 「돌아오지 않은 멍쇠」 등 총 10편의 작품이 수록되었다.
내용은 해외 민담이나 우리나라의 옛이야기를 각색한 작품도 있고, 순수 창작한 작품도 있었으며, 칸마다 읽는 순서대로 일련 번호를 모두 매겨놨다. 맨 뒷장에는 ‘우리의 맹세’가 찍혀있다. 같은 해 『학원』 7월호에는 『만화학원』 홍보도 실었는데, “우리나라 10대 만화가 총집필”이라는 문구와 함께 우리나라에서 가장 유명한 만화가 열 명이 그린 걸작으로 구성되었음을 강조한다.
한편 『학원』은 1952년 창간 이후 ‘학원세대’라는 용어가 생길 정도로 청소년 독자들로부터 폭발적인 인기를 얻었다. 초창기에는 만화 장르를 실지 않다가 1954년 이후부터 김성환의 「꺼꾸리군 장다리군」과 김용환의 「코주부 삼국지」를 비롯해 박기당의 그림 이야기 등 초기 만화 장르를 다채롭게 개제했다.
최고 인기작이었던 「꺼꾸리군 장다리군」은 훗날 드라마와 영화[석래명 감독, 1997]으로도 만들어졌으며, 「코주부 삼국지」는 최장수 연재 만화라는 기록을 갖게 된다. 1952년 11월에 창간된 『학원』은 경영 상황에 따라 휴간과 속간을 하고 발행권을 이양하기도 하였으나 1978년 9월호를 끝으로 종간한다.
1950년대 중후반 아동만화의 확장을 이끌었으며, 한국 만화사에서 아동만화 잡지의 황금기를 만들었다.