조선 초기의 실록 기사에서는 별와요(別瓦窯) 사역원(司譯院) 등에 부제조가 설치되어 운영된 것을 확인할 수 있다. 그리고 1423년(세종 5) 3월에는 각사의 실안제조와 제조를 정하면서, 인수부(仁壽府), 인순부(仁順府), 승문원(承文院), 훈련관(訓鍊觀), 내자시(內資寺), 내섬시(內贍寺), 예빈시(禮賓寺), 사선서(司膳署), 경복궁(景福宮), 동서활인원(東西活人院), 관습도감(慣習都監), 상림원(上林園), 도화원(圖畫院), 복흥고(福興庫) 등에 실안부제조(實案副提調) 등에 각 1명씩을 부제조를 두었다.
이를 대언사의 관원(후대의 승정원 승지)들이 각각 나누어 맡았으며, 소격전(昭格殿)의 실안부제조는 2명으로, 이조참의와 대언사의 지신사(知申事)가 맡았고, 그 외에 사련소(司臠所), 다방좌번(茶房左番), 다방우번(茶房右番) 등에도 부제조를 1명씩 설치하였다.
이후에도 소격전 부제조를 1명으로 줄이고, 악학(樂學)과 관습도감을 하나로 합하여 악학도감(樂學都監)이라 칭하면서 도승지로 부제조를 삼고, 와서의 부제조를 폐지하는 등 여러 차례의 변천을 거치면서 부제조의 설치에 변동이 있음을 확인할 수 있다. 『경국대전』의 규정에서는 승문원(정원 없음), 사옹원(5명, 1명은 승지), 내의원(1명, 승지), 상의원(1명, 승지), 전옥서(1명, 승지) 등에 부제조가 설치되었다.
조선시대 제조 직제는 실직이 아닌 겸직이고, 도제조 · 제조 · 부제조가 품계에 따른 구분이었으므로 법전의 규정을 지키면서도 시대 상황에 따라 많은 변동이 있었다. 특히 임시관청인 도감이나 흠경각, 교정청, 산실청 등이 설치되는 경우에는 종종 품계에 따른 부제조의 설치가 이루어졌다. 1592년(선조 25)에는 처음으로 비변사에 부제조를 두고 병무(兵務)에 익숙한 자를 뽑았으며, 정조 대에는 교서관이었던 규장각 외각(外閣)에 부제조 2명을 두고, 1명은 규장각 직제학이 겸임하도록 하였다.