우복야는 본래 고려시대에는 상서성의 정2품 관직이었다. 이후 상서성을 혁파하고 첨의부를 두었으며 우복야는 첨의부에 설치되었다. 1356년(공민왕 5)에 상서성이 복구되면서 우복야도 부활하였다. 1362년(공민왕 11)에 성서성이 혁파되고 3사가 분리되면서 3사에 우복야가 설치되었다. 이전까지 3사에는 우복야 직제가 없었다. 1392년(태조 1) 조선 건국 직후 고려의 제도를 이어 받아 관제를 정하였다.
우복야는 3사의 정2품 관원으로 설치된 것이 확인된다. 1400년(정종 2) 직제 개편 당시 좌우복야가 좌우사(左右使)로 개편되면서 복야는 폐지되었다. 한편, 1401년(태종 1) 관제 개편 당시 3사는 사평부(司平府)로 개칭되었고, 1405년(태종 5)에 사평부 역시 호조(戶曹)에 합병되면서 폐지되었다.