본관은 함열(咸悅). 자는 여헌(汝獻), 호는 창랑(滄浪). 할아버지는 군수 남궁치(南宮致)이고, 아버지는 생원 남궁순(南宮順)이며, 어머니는 감찰 최돈(崔敦)의 딸이다.
1477년(성종 8) 생원시에 장원으로 합격하였고, 1489년 문과에 병과로 급제, 예문관검열에 보임되었다.
같은 해 사관(史官)으로 있을 때 왕명을 어긴 죄로 추국(推鞫)되고, 1495년(연산군 1) 사간원헌납·홍문관교리를 역임하면서 1497년 문신 정시에 1등을 차지하였다. 이듬해 홍문관부응교가 되었으며, 1499년 의정부사인·지제교 겸 승문원교감으로 『성종실록(成宗實錄)』 편찬에 참여하였다.
이듬해 당상관으로 승진하여 제주목사에 부임하였다. 1504년 강원도관찰사가 되어 외방에 나갔으나 연산군의 미움을 받아 유배되었다.