대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 말사로서 여러 차례의 중건, 중수를 거쳤으나 자세한 연대는 전하지 않는다.
다만, 신라 말기의 고승 무염(無染)이 일시 머물렀고, 고려시대에 크게 중창하였으며, 김시습(金時習)이 이 절에서 말년을 보내다가 입적하였고, 조선 중기의 고승 진묵(震默)이 아미타불을 점안하고 나무 열매로 술을 빚어서 마시면서 도도한 시심(詩心)을 펼쳤던 사찰이다.
현존하는 당우로는 무량사극락전(極樂殿)을 비롯하여 산신각(山神閣) · 요사채 등이 있다. 1963년 보물로 지정된 부여 무량사 극락전에는 동양최대의 불좌상이라 하는 아미타여래삼존상이 봉안되어 있으며, 산신각에는 김시습의 영정이 모셔져 있다.
문화유산으로는 1963년 보물로 지정된 무량사 석등과 무량사 오층석탑, 절 문 앞에 있는 거대한 당간지주(幢竿支柱), 김시습의 부도 등이 있다. 또한, 김시습이 1493년(성종 24) 이곳에서 죽자 승려들이 그의 영각(影閣)을 절 곁에 짓고 초상을 봉안하였다.
그 뒤 읍의 선비들이 김시습의 풍모와 절개를 사모하여 학궁(學宮) 곁에 사당을 짓고 청일사(淸逸祠)라 이름하고 그 초상을 옮겨 봉안하였다. 이 절에서는 조선시대 상당수의 경판이 간행되었다.
1498년(연산군 4) 『법계성풍수륙승회수재의궤(法界聖風水陸勝會修齋儀軌)』를, 1522년(중종 17) 『몽산화상육도보설(夢山和尙六道普說)』을, 1470년에서 1494년 사이 『지장보살본원경(地藏菩薩本源經)』을 간행하였다.