4권 2책. 활자본. 윤종섭(尹鍾燮)·김교헌(金敎獻)의 편집을 거쳐, 1904년 그의 문인 김두련(金斗鍊)과 손자 장희(長熙) 등에 의하여 간행되었다. 권두에 민영환(閔泳煥)의 서문과 권말에 주명상(朱明相)의 발문이 있다. 규장각 도서에 있다.
권1에 서(書) 14편, 서(序) 4편, 기 1편, 발 1편, 송(頌) 1편, 찬(贊) 2편, 명 2편, 축문 2편, 제문 2편, 애사 1편, 묘갈명 1편, 묘지명 2편, 행장 3편, 권2에 잡저 2편, 논(論) 20편과 저자에 대한 전(傳) 1편 등이 수록되어 있다.
별집 권1·2는 『주역』에 관한 저술인데, 자서(自序)·범례(凡例)·팔괘성정물상(八卦性情物象)·역요선의강목(易要選義綱目) 등으로 구성되어 있다. 이 책에 시(詩)가 단 한수도 없는 것으로 보아 저자는 사장(詞章)에 별로 관심이 없었던 듯하다.
서(書)에는 스승 홍직필과 성리학 등에 관하여 논변한 것이 있다. 잡저에도 역시 홍직필과 성리에 관하여 문답한 것을 적은 「강상문답(江上問答)」, 많은 옛 기록에서 오직 성리에 관계된 학설을 70여 항에 걸쳐 뽑아 모은 「제성차록(提省箚錄)」 등이 있다.
논은 도기론(道器論)이라 하여 「태극(太極)」·「성(性)」·「심(心)」·「형(形)」·「기(氣)」·「신(神)」·「이(理)」·「인(仁)」·「의(義)」·「예(禮)」·「지(智)」 등 주로 성리학에 관한 20개 편목의 논문들로 되어 있다.
별집 권1·2는 역리(易理)에 관하여 총체적으로 논술한 것인데, 초심자를 위한 길잡이 형식으로 꾸며져 있다. 이 가운데서 특히 「역요선의강목」은 난해처·긴요처를 부분적으로 떼어 상당히 깊이 있게 해설하였다.