본관은 강릉(江陵). 태종무열왕의 7대 손으로, 이찬김주원(金周元)의 아들이며 김헌창(金憲昌)의 형이다. 아들은 김정여(金貞茹)와 장(璋)이 있고, 손자로는 양(陽)과 김흔(金昕)이 있다. 관등은 소판(蘇判: 迊飡의 별칭)으로서 집사부의 시중을 역임하였다.
아버지 김주원은 신라 하대 사회의 권력 구조에서 태종무열왕계를 대표하는 중심적 인물로, 제37대 선덕왕이 죽은 뒤 화백회의에서 왕위에 추대되었으나 상대등김경신(金敬信)과의 왕위 계승 경쟁에서 패배했고, 그 뒤 원성왕으로 즉위한 김경신에 의해 지금의 강릉 지방으로 축출되었다. 그러나 원성왕은 태종무열왕계에 대한 정치적 무마책으로 김주원의 두 아들 종기와 헌창을 각각 집사부 시중에 임명하였다.
김종기는 790년(원성왕 6) 1월에 행정책임자로서 시중에 임명되었으나, 천재지변에 대한 정치적 책임을 지고 그 해 10월에 시중직을 사임하였다. 그의 뒤를 이어 시중에 임명된 사람은 원성왕의 직계 손이며, 이미 죽은 김인겸의 맏아들인 김준옹(金俊邕)이었다. 이것으로 보아 원성왕이 자기의 직계 자손에 의한 왕권강화책을 도모하기 위해, 그에게 정치적 책임을 지워 권력의 핵심에서 배제시킨 것으로 추측된다.
그러나 원성왕에 의해 밀려난 김주원계는 원성왕이 죽은 뒤 그의 두 아들인 인겸과 김예영(金禮英) 두 파의 정치적 갈등을 이용해 중앙 정계에 다시 진출할 수 있게 되었다. 이로써 그의 아들 김정여와 김장도 시중을 역임했고, 장손인 김양도 시중과 병부령(兵部令)을 각각 역임함으로써 신라 하대의 정치 변동 상황에서 중요한 기능을 수행하였다. 김주원에 이어 명주군왕에 책봉되었다.