복천사연력(福泉禪院年歷)에 의하면 복천암은 720년(성덕왕 19)에 의상(義湘)의 제자인 진정(眞定)이 처음 창건하고, 776년(혜공왕 12)에 진표(眞表)의 제자인 영심(永心)이 중건하였다고 하며 고려 전기까지도 재차 주1 기록이 확인된다. 주2 내에서 채집한 주3의 등 문양으로 보면 복천암은 고려 초기에 존재하였을 가능성이 높다.
1449년(세종 31)에는 세종의 쾌유와 만년의 장수를 빌기 위해 왕실의 원찰로 중건하도록 하였고, 효녕대군, 수양대군 등이 시주하였다. 문종대 복천사 중건 기록에서는 신미(信眉)가 중심이 된 사실이 확인된다. 1451년(문종 1)에 복천사가 중건되자, 안평대군이 새로 주조한 아미타삼존불을 모시고 와서 극락보전에 봉안하고 세종의 수륙재(水陸齋)를 지냈다. 이후 세조가 복천사로 주4 극락보전에서 삼보에 공양하였다.
1733년(영조 9)에 화재로 전각이 소진되고 아미타삼존불도 소실되었다. 이후 1735년(영조 11)에 탁융(卓融), 승준(勝俊), 백한(白閑) 등이 중건하였고 천신(天信) 등이 1737년(영조 13)에 목조 아미타삼존불을 조성하였으며 이것이 지금도 전한다.
1803년(순조 3)에는 법현(法賢), 근활(近活), 취준(就俊) 등이 극락보전을 중건하였고 1905년(고종 9)에는 나한전을 중건한 것으로 보인다. 이후 전각의 노후로 인해 1976년부터 복천선원장(福泉禪院長) 월성(月性)의 주관 하에 대대적인 중건이 이루어졌다.
대한불교조계종 제5교구 본사인 법주사의 말사이며 복천암 수암화상탑, 복천암 학조등곡화상탑 등이 보물로 지정되었고 지정문화재로는 극락보전, 목조아미타삼존불상, 신중도, 삼세불도 등이 있다.