성은 최씨(崔氏)이고 자는 영을(永乙)이며 호는 무의자(無衣子)이다. 전라남도 나주 출신이고 아버지는 완(琬)이며, 어머니는 배씨(裵氏)이다.
1201년(신종 4) 주1에 합격하여 태학(太學)에 들어갔으나, 다음 해 어머니가 죽자, 당시 조계산(曹溪山)에서 수선사를 만들어 교화 활동을 하고 있던 지눌(知訥)에게 가서 어머니의 재(齋)를 올린 다음, 지눌의 제자가 되었다.
1210년 지눌이 입적(入寂)하자 혜심이 수선사로 돌아가 개당(開堂)하여 2세 사주가 되었다. 1212년 강종(康宗)이 수선사를 증축시키고 불법을 구하므로 그가 『심요(心要)』를 지어 올렸고, 당시 문하시중 최우(崔瑀)는 그에게 두 아들을 출가시켰다. 고종(高宗)은 왕위에 올라 혜심에게 선사(禪師)에 이어, 대선사를 제수하였으며, 1220년(고종 7) 단속사(斷俗寺) 주지로 명하였다.
혜심은 출가 후 3년 만에 억보산에서 지은 게송으로 지눌에게 주2를 받았고 ‘무자’ 화두와 십종병에 대한 문답을 통해 최종 인가를 받았다. 혜심의 저작에는 그가 간화선을 중시한 사실이 드러난다. 따라서 그의 사상이 간화선 위주로 나아갔다는 이해가 널리 통용되었다. 그러나 근래에는 혜심의 『선문염송집(禪門拈頌集)』 등의 저작을 한층 다양하게 분석하여 주3에 대한 이해와 실천에 있어 간화선 위주로 나아가지 않고 오히려 문자선을 중시한 사실이 밝혀졌다. 이에 의하면 혜심은 간화선도 수용하였지만 공안선 내지 송대 선의 하나로서 받아들였을 뿐 간화선 중심으로 나아갔다고 보기는 어렵다. 이 시기 수선사에서는 간화선과 무관한 송대 선적이 다양하게 간행되었다. 이는 당시 선종계에서 성행한 문자선에 대한 수요에 대응하고, 선종계의 사상적 주도권을 확보하는 방향과 관련될 것이다.
저서로는 『선문염송집(禪門拈頌集)』 30권, 『심요』 1편, 『조계진각국사어록(曹溪眞覺國師語錄)』 1권, 『구자무불성화간병론(狗子無佛性話揀病論)』 1편, 『무의자시집(無衣子詩集)』 2권, 『금강경찬(金剛經贊)』 1권, 『선문강요(禪門綱要)』 1권이 있다.