한국불교태고종의 본산이다. 889년(진성여왕 3)에 국사 도선(道詵)이 부유한 신도의 집을 희사받아 절을 창건하고 반야사(般若寺)라 하였다. 그 뒤 고려 공민왕 때에 보우(普愚)의 중건으로 대찰의 면모를 갖추었으며, 1396년(태조 5)에는 이 절에 왕의 초상화를 모신 원당(願堂) 반야암을 지어 불교탄압의 영향을 받지 않게 되었다.
임진왜란 때 병화로 소실된 것을 지인(智仁)이 크게 중창하였고, 1651년(효종 2)에 다시 법당과 동서에 있던 요사가 소실되었지만 극령(克齡)·휴암(休巖)·도암(道庵) 등이 중건하였다. 또, 선조·인조·영조 때에는 반야암을 수호하라는 왕명이 있어 조정의 극진한 보호를 받았다. 특히, 1748년(영조 24)에는 왕이 절을 지을 부지를 하사하여 찬즙(贊汁)·증암(增巖) 등이 현재의 자리로 이건하였고, 이듬해 영조는 봉원사라는 현판을 내렸으므로 이때부터 절 이름을 봉원사라 하였다.
1788년(정조 12)에는 팔도승풍규정소(八道僧風糾正所)를 설치하여 승려의 승풍(僧風)을 지도, 단속하게 하였다. 1884년(고종 21)에는 갑신정변의 주동인물이었던 김옥균(金玉均)·서광범(徐光範)·박영효(朴泳孝) 등이 이동인(李東仁)의 지도 아래 개화파의 젊은이들을 깨우쳐 정변을 일으키게 하기도 하였다. 1894년에는 주지 성곡(性谷)이 약사전을 신축하였으며, 1911년에는 다시 이보담(李寶潭)이 크게 중수하였으나 6·25전쟁 때 가람의 일부가 소실되었다.
지금의 건물은 1966년 최영월(崔映月)이 복원한 것이 많다. 현존하는 당우로는 대웅전과 극락전을 위시하여 범종각·명부전·납골당·산신각·칠성각·종무소·비각 등이 있다. 중요한 유물로는 도선의 반야암 편액, 이광사(李匡師)의 대웅전 편액, 정도전(鄭道傳)의 명부전 편액, 김정희(金正喜)의 청련시경(靑蓮詩境)·산호벽루(珊瑚碧樓), 이완용(李完用)의 지장대성위신력(地藏大聖威信力), 청나라 옹방강(翁方綱)의 무량수각 편액 등과 장승업(張承業)의 신선도 십폭병풍 등이 소장되어 있다.
또한, 경내에는 서울특별시 보호수 제67·69·70호로 지정되어 있는 수령 약 500년의 괴목이 있고, 절 뒤에는 관세음보살의 영험담이 얽힌 관음바위가 있다.