『헌종실록』은 헌종이 죽은 6개월 후인 1849년(철종 즉위년) 11월 15일에 교서관(校書館)에 실록청을 개설하고, 실록총재관(實錄廳摠裁官), 당상(堂上), 낭청(郞廳) 등을 임명하여 편찬을 시작하였다. 실록청은 전례에 따라 도청(都廳)과 3방(房)으로 나누어 각각 당상과 낭청을 배정하였다. 실록의 편찬은 먼저 기본 자료인 『시정기(時政記)』, 『일성록(日省錄)』, 『승정원일기(承政院日記)』』 등을 가져와 당상들이 수록할 기사(記事)에 표시를 하여 이를 발췌하게 하였다.
이후 각 방의 낭청들이 이 발췌한 부분을 등사하여 그해 9월 5일까지 산절(刪節) 등본(謄本)을 완성하였다. 10월 26일에는 찬수당상(纂修堂上)과 찬수낭청(纂修郞廳)을 임명하였다. 당상들은 산절 등본과 각사의 문서에서 뽑은 자료를 바탕으로 초절본(抄節本)을 찬수(纂修)하고, 그것을 낭청들이 등사하여 찬수 등본을 완성하였다. 이것이 『헌종실록』의 초초(初草)로써 1851년(철종 2) 3월 11일에 완성되었다.
초초가 완성된 후 다시 그달 24일에 교정당상(校正堂上)과 교정낭청(校正郞廳)을 임명하였다. 당상은 산절 등본과 초절본을 교정하고 낭청이 이를 정서(淨書)하여 교정본(校正本)을 만들었는데, 이것이 실록의 중초(中草)이다. 이후 도청당상(都廳堂上)이 전체를 교정하였다. 그해 8월 4일에는 다시 교수당상(校讐堂上)과 교수낭청을 임명하여 그들이 찬수본[초초]과 교정본[중초]을 대조하여 최종적으로 정초(正草)를 만들었는데, 이것이 곧 『헌종실록』이다.
『헌종실록』은 그해 1851년(철종 2년) 9월까지 인쇄되어 각 사고(史庫)에 봉안되었다. 익년(1852) 7월 27일에는 관례에 따라 초초와 중초 등을 세초(洗草)하고 잔치를 벌임으로써 실록 편찬 사업이 끝나게 되었다.
『헌종실록』 편찬에 참여한 관원은 다음과 같다. 총재관(摠裁官)으로 조인영(趙寅永), 정원용(鄭元容), 권돈인(權敦仁), 김도희(金道喜), 박회수(朴晦壽), 김흥근(金興根), 박영원(朴永元), 도청당상(都廳堂上)에 조두순(趙斗淳), 서기순(徐箕淳), 찬수당상(纂修堂上)으로는 김좌근(金左根), 이가우(李嘉愚), 윤정현(尹定鉉), 김학성(金學性), 조학두(趙鶴斗), 김보근(金輔根), 조병준(趙秉駿), 김수근(金洙根), 이경재(李景在), 김정집(金鼎集), 교수당상(校讐堂上)에 서헌순(徐憲淳), 김병기(金炳冀) 등이었다.
『헌종실록』의 본문은 일기체로 기록하였으나 내용이 매우 소략하다. 이는 『순조실록』 이후 실록의 역사서로서 갖는 위상이 낮아지고 내용도 부실해진 결과이다. 이는 실록보다 오히려 『일성록』, 『승정원일기』가 더 중요한 기록으로 인식된 것으로 보인다.
1930년대 이후 조선의 역대 왕(태조~철종)의 실록이 몇 차례 영인될 때, 이 실록도 함께 간행되었다. 1990년에 모두 2권의 번역본 『헌종실록』을 세종대왕기념사업회에서 출간하였고, 현재 국사 편찬 위원회의 홈페이지(http://sillok.history.go.kr/)에서 국역, 원문 이미지, 표점(標點) 원문을 제공하고 있다.