종백부의 소속 관리는 총책임자격인 대종백(大宗伯) 아래 종백과 참의(參議)를 각각 1명씩 두었는데, 이들은 모두 겸관으로서 각각 궁내부 대신 · 궁내부 협판 · 궁내부 참의가 겸직하였다. 따라서 종백부는 명목상으로는 궁내부와 별개의 독립 관서였으나 실질적으로는 그 소속 부서나 마찬가지였다. 그 밑으로는 종2품 이하인 사향관(祀享官) 30명을 두었으며, 전임 실무자로 주사(主事) 2명이 있었는데, 이들은 종백부 관할에 있는 각종 제사를 거행할 때 제전(祭典) 집행관으로 차출되었다.
종백부는 그 휘하에 종묘서(宗廟署), 사직서(社稷署), 영희전(永禧殿), 경모궁(景慕宮), 선원전(璿源殿) 등의 관서 및 서울 주변의 여러 왕릉과 원(園) 등이 소속되었으며, 이들에 대한 의례나 제사 거행 관련 각종 실무를 관장하였다. 그리고 이러한 작업의 지원을 위해 봉상시, 전생서(典牲暑), 전설사(典設司) 등의 기구 또한 종백부에 소속되었다.
각각의 능 · 원 · 묘의 경우 제거(提擧)와 영(令), 그리고 참봉(叅奉) 등의 직급을 두고 실질적인 업무는 참봉이 관할하였으며, 소속 기구에는 제거와 주사를 두었는데, 이들의 제거는 대개 종백부의 대종백이나 종백이 겸직하였다. 한편 종백부는 왕세자의 생일에 백관이 하례를 올릴 때 취할 절차를 왕에게 아뢰어 결재를 받는 등 능 · 원 · 묘 등에 대한 관리 이외에 왕실의 의례와 관련된 여타 사항들도 일부 취급하였다.
종백부는 1895년(고종 32) 1월에 국가의 각종 사전(祀典)들을 이관 받아 왕실의 능 · 원 · 묘 이외에도 역대 시조(始祖) · 선농(先農) · 선잠(先蠶) · 관왕묘(關王廟) 등에 대한 제사 역시 관할하도록 그 역할이 확장되었다.
1895년 4월 박영효(朴泳孝) 내각이 주도한 을미개혁 당시 예산절감을 위한 정부 기관 개혁의 일환으로 궁내부 관제가 대폭 간소화됨에 따라 왕실의 족보(族譜) 관련 사무를 맡았던 종정부(宗正府)와 같이 폐지되었다. 이후 그 관할 업무였던 각 능 · 원 · 묘의 제사 관련 업무들은 신설된 장례원(掌禮院)으로 인계되었다.
종백부는 갑오개혁기에 출범한 궁내부 체제에서 전통적으로 봉상시 등에서 관할하던 왕실 제사 관련 업무를 맡았던 기구로서, 근대적 행정기구 내에서 전통적 역할을 수행하던 기관이었다는 역사적 의미를 지니고 있다. 비록 존속 기간은 극히 짧았지만, 이후 대한제국기의 장례원으로 그 업무가 계승되는 일종의 가교 역할을 담당한 것으로 평가할 수 있다.