결성 후 반독재민주수호연맹에서는 각계 대표자회의를 열고 대통령 후보에 장택상을 지명하기로 내정하였다. 그러나 장택상이 선거 참여 보다는 새로운 정당 조직이 더욱 시급하다는 이유를 들어 후보 지명에 부정적 태도를 보이고, 통일사회당의 정화암이 탈퇴하고 서상일도 회합에 불참하는 등 혼란이 이어졌다. 결국 진통 끝에 2월 8일 대통령 후보에 장택상, 부통령 후보에 박기출을 지명하고 양씨가 이를 수락함으로써 선거 참여가 결정되었다. 신당 조직은 선거 후에 추진하기로 합의하였다. 하지만 2월 12일 후보등록서류가 경찰의 사주를 받은 반공청년단원들에 의해 피탈당하면서 후보 등록에 실패하였다. 선거가 끝나고 나서 장택상은 4월 2일에 대법원에 선거무효소송을 제기하였다.
그러나 후보등록서류피탈사건은 4·19혁명 후 전 내무부 장관 최인규와 전 치안국장 이강학에 대한 검찰 수사 과정에서 장택상이 사주한 것으로 밝혀져 파문이 일었다. 장택상은 최인규로부터 선거운동원 치료비 명목으로 1백만 환과 함께 휴양 차 홍콩 여권까지 발급받았다. 검찰은 장택상을 주1 위반 및 주2로 기소하였다. 장택상은 1심에서 징역 10월, 2심에서 무죄가 선고되었으나 상고심인 대법원에서 파기 환송되어 1963년 6월 26일 서울 고등법원에서 징역 10월, 집행유예 2년의 유죄 판결을 받았다. 선거법 위반 혐의는 헌법 개정으로 3·15 선거 당시 정 · 부통령선거법의 효력이 상실되어 면소 주3이 내려졌고 무고죄만이 적용되었다.
반독재민주수호연맹은 1960년 정부통령선거를 앞두고 자유당과 민주당을 제외한 군소 정치단체들이 연합해 선거 참여 및 신당 결성을 목표로 만든 조직이다. 그러나 제도정치권 안에서 정치적 입지를 확보하려는 장택상과 진보당사건 이후 새롭게 활로를 모색하려는 혁신정당세력이 결합한 결과 이념적 통일성이 결여되었고, 참가자들도 개인 자격으로 참여해 조직 면에서도 한계가 있었다. 결국 이승만과의 정면 대결을 피하려는 장택상의 책략으로 선거 참여는 무산되었고, 반독재민주수호연맹도 의미 있는 정치적 성과를 남기지 못하였다.